石正麗新研究:需持續(xù)監(jiān)控蝙蝠 中華菊頭蝠是SARS病毒的宿主
中華菊頭蝠ACE2變體對SARS相關(guān)冠狀病毒感染表現(xiàn)出的不同敏感性
為了評估不同的中華菊頭蝠ACE2分子是否會影響SARS病毒和蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒的進入,研究者在HeLa細胞中瞬時表達了中華菊頭蝠的ACE2的變體,并測試了攜帶不同刺突蛋白的SARS病毒偽型或蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒的進入效率。
4株蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒按照S1序列可分為4個基因型。簡單地說,與SARS病毒的刺突蛋白相比,SARS相關(guān)病毒RsWIV1的RBD與SARS病毒具有氨基酸高度同一性;RsWIV16是SARS病毒的近親,在NTD和RBD均表現(xiàn)氨基酸高相似;Rs4231在NTD上與SARS病毒有著高度的氨基酸相似度;而RsSHC014在NTD和RBD區(qū)域與SARS病毒均有差異。
與之前的研究結(jié)果類似:所有四株具有相同基因組背景但不同刺突蛋白的蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒毒株,都可以利用人類ACE2進行相似水平的復制。
然而,它們在如何利用中華菊頭蝠ACE2方面存在一些差異。所有測試病毒都能有效利用等位基因1、2、4、5進入。具有相同RBD的RsWIV1和RsWIV16則不能使用來自廣東的等位基因6(樣本ID 1434)。具有相同RBD的Rs4231和RsSHC014不能分別使用來自云南和廣東的等位基因7(樣本ID 3357)和等位基因8(樣本ID 1438)。SARS病毒BJ01與WIV1和WIV16的RBD有很高的相似性,能夠在假型感染實驗中使用與Rs4231和RsSHC014相同的蝙蝠ACE2等位基因。
這些結(jié)果表明,病毒進入細胞都受到刺突RBD和中華菊頭蝠 ACE2變異體的影響。
蝙蝠ACE2殘基突變會影響其與SARS相關(guān)冠狀病毒RBD的結(jié)合親和力
為進一步了解SARS病毒和SARS相關(guān)冠狀病毒對ACE2使用能力不同,研究者表達了冠狀病毒BJ01、RsWIV1、RsWIV1、RsSHC014的RBD,和3個中華菊頭蝠的ACE2,分別是等位基因6(樣本1434),等位基因7(樣本3357)和等位基因2(樣本5720)。
隨后,研究者測試它們之間的親和力。陽性對照為SARS病毒BJ01的RBD 與人ACE2,陰性對照為SARS病毒RsWIV1的RBD 與人DPP4。實時分析表明,基于平衡解離常數(shù)KD,不同RBD與ACE2的結(jié)合親和力不同。
與病毒感染實驗結(jié)果一致,發(fā)現(xiàn)1434ACE2(等位基因6)與RsSHC014和BJ01結(jié)合,而與RsWIV1的RBD不結(jié)合;研究還發(fā)現(xiàn)3357ACE2(等位基因7)與RsWIV1結(jié)合,但不與RsSHC014和BJ01的RBD結(jié)合;5720ACE2(等位基因2)被發(fā)現(xiàn)能結(jié)合所有測試的RBD。所有被測試的RBD都與人類或蝙蝠ACE2具有很高的結(jié)合親和力。然而,與兩種蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒的RBD相比,它對中華菊頭蝠ACE2的結(jié)合親和力較低。
這些結(jié)果表明,刺突RBD與ACE2的結(jié)合親和力影響病毒的感染能力。
SARS相關(guān)冠狀病毒RBDs與中華菊頭蝠ACE2s相互作用的結(jié)構(gòu)模型
4個蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒的刺突蛋白大小相同,與SARS-CoV的氨基酸同源性超過90%,表明這些蛋白具有228個相似的結(jié)構(gòu)。在本研究中,他們使用中華菊頭蝠ACE2 3357(等位基因7)構(gòu)建了蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒RsSHC014 RBD的結(jié)構(gòu)復雜模型,并用中華菊頭蝠ACE2 1434(等位基因6)構(gòu)建了蝙蝠SARS相關(guān)冠狀病毒RsWIV1 RBD的結(jié)構(gòu)復雜模型。
這與SARS-CoV RBD與人類ACE2的結(jié)合親和實驗結(jié)果一致。與SARS-CoV RBD和人類ACE2界面的接觸殘基相比,可以觀察到ACE2上的兩個病毒病毒結(jié)合熱點(hotspot hotspot Lys31和Lys353分別由Glu35和Asp38組成的鹽橋)或附近的變化。如前所述,這兩個熱點隱藏在疏水環(huán)境中。它們?yōu)椴《?受體結(jié)合相互作用提供了大量的能量,并填補了結(jié)合界面上疏水性疊加238相互作用的關(guān)鍵空隙。
與人ACE2相比,中華菊頭蝠ACE2-3357的兩個主要殘留變化是E35K和Y41H。E35K與RsSHC014 RBD中K31和Arg479的鹽橋斷裂,可能影響它們之間的結(jié)合親和力。41位置的組氨酸可能會削弱K353- d38鹽橋的支撐力,因為組氨酸比酪氨酸的疏水性更弱,導致其與BJ01 RBD的結(jié)合親和力降低。因此,BJ01和RsSHC014 RBD與中華菊頭蝠ACE2 -3357的結(jié)合親和力較低。
在中華菊頭蝠ACE2-1434中,位置31發(fā)現(xiàn)了蘇氨酸,這與人類ACE2的這個位置不同,人類的是賴氨酸。雖然K31T的變化導致其不能與Glu35形成鹽橋,但BJ01的RBD c中的Tyr442可以與之形成氫鍵。但RsWIV1 RBD中位于442的絲氨酸則不具備這種功能。
此外,RsSHC014含有一個位于479的精氨酸,Thr31不能與Glu35形成鹽橋,使Glu35可以與Arg479形成鹽橋,但RsWIV1中的RBD殘基Asn479可能會導致其失去這一能力。因此,BJ01和RsSHC014 RBD可以與中華菊頭蝠ACE2 -1434結(jié)合,但RsWIV1RBD無法與中華菊頭蝠的ACE2 -1434結(jié)合。
本研究中所有的中華菊頭蝠 ACE2在82的位置都包含一個天冬酰胺,而人類ACE2在此位置則是蛋氨酸。M82N的變化引入了一個不利的親水殘基,削弱了熱點31周圍的疏水網(wǎng)絡(luò)。此外,Asn82引入了一個糖基化位點,就像在大鼠ACE2中一樣,導致其不能有效支持SARS-CoV感染;ACE2在82位置上的聚糖可能導致空間干擾病毒RBD結(jié)合。
因此,M82N可能對SARS-CoV及SARS相關(guān)冠狀病毒RBD與中華菊頭蝠ACE2s的相互作用有顯著影響。如前所述,RBD的487殘基與ACE2上的熱點353相互作用。RsWIV1 RBD中含有Asn487, Asn487的極性側(cè)鏈可能與ACE2中Lys353殘基的脂肪族部分發(fā)生不利的相互作用,影響K353與D38的熱點相互作用。
此外,RsSHC014 RBD在位置487含有一個丙氨酸;Ala 487的小側(cè)鏈不支持熱點353的結(jié)構(gòu)。因此,RsWIV1及RsSHC014 RBD與人類ACE2的結(jié)合親和力均低于BJ01,但與人類ACE2的結(jié)合親和力均高于中華菊頭蝠ACE2,這與病毒感染和結(jié)合實驗結(jié)果高度相符。
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